Az esetek többségében egy kis pihentetéssel a Baker-ciszta néhány nap alatt felszívódik, eltűnik a térdhajlatból. Amennyiben azonban vagy nagyon erős fájdalmat érzünk, amely már az elviselhetetlenséghez közelít, vagy olyan nagyra duzzad a ciszta, amelynél már nehezen hihetünk abban és nem várhatunk arra, hogy magától felszívódik, akkor mindenképpen szakorvos által javasolt megoldásra van szükség a felgyülemlett folyadék megszüntetésének érdekében! Nagyon rosszul hangzik, de talán az egyik leghatékonyabb módja a Baker-ciszta megszüntetésének a folyadék lecsapolása. Ez általában azt jelenti, hogy ultrahangos irányítás mellett egy tű segítségével távolítják el a térdizületből az összegyűlt, felesleges folyadékmennyiséget. Ezt a műveletet a szakirodalom aspirációnak nevezi. Ennél valamivel kevésbé ijesztő megoldás a szteroid injekció alkalmazása. Ennek előnye, hogy egyrészt szinte azonnal csökkenti a fájdalmat, valamint a gyulladás mértékét, hátránya viszont, hogy sajnos ennek a kezelési módnak az esetében semmiféle garancia nincs arra, hogy megakadályozza a ciszta újbóli kialakulását. Valójában a leghatékonyabb módja a Baker ciszta megszüntetésének a gyógytorna! Mivel a ciszta kialakulásának leggyakoribb oka a térd ízület túlterhelése, a helyes testtartás visszaállítása a megoldás. Ennek során a gerinc és a medence tartó izomzatának megerősítésével teremtjük meg a térd ízület számára az optimális terhelést. Ebben a helyzetben érdemes a térdet mozgató izmokat erősíteni. A ciszta felszívódásának elősegítésére nyirokmasszázs ajánlott. A fent leírtak segítenek, hogy ne alakuljon ki jó eséllyel többet a duzzanat a térd alatt.Amennyiben úgy ítéljük meg, hogy nincs, vagy még nincs szükség orvosi beavatkozásra, abban az esetben megfelelő térdtámasz viselésével, továbbá jegeléssel, vagy éppen speciális, a térd körüli izmokat erősítő otthoni gyakorlatok elvégzésével vehetjük fel a harcot a Baker-cisztával szemben.